211工程（Project 211或者211 Project）是指面向21世纪、重点建设100所左右的高等学校和一批重点学科的建设工程。1995年11月经国务院批准后正式启动。2019年11月28日，教育部官网发布声明：已将“211工程”和“985工程”等重点建设项目统筹为“双一流”建设。

进入211工程的医学院校有：

北京中医药大学（1997年12月，第二批）

天津医科大学（1997年12月，第二批）

上海医科大学（1997年12月，第二批）

第二军医大学（1997年12月，第二批）

中国药科大学（1997年12月，第二批）

第四军医大学（1997年12月，第二批）

中国协和医科大学（2005年，第三批）。

上述进入211工程的医药类高校不包括当时处于申报、预审、预备立项、报送可研报告等环节的，没有最终审核批准的高校。

21世纪初，部分医学院校经历了合并潮流，其中，2000年，上海医科大学和复旦大学合并办学，组建成为新的复旦大学。2006，中国协和医科大学正式更名为北京协和医学院。

2017年，第二军医大学更名为中国人民解放军海军军医大学，并对外保留第二军医大学校名。第四军医大学更名为中国人民解放军空军军医大学，并对外保留第四军医大学校名。

原卫生部11所直属医学高校，9所被合并，只有北京协议医学院、中国医科大学还在坚持独立办学。

1.北京医科大学。2000年4月3日，北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学。2000年5月4日，北京医科大学正式更名为北京大学医学部。

2.华西医科大学。2000年9月，华西医科大学与原四川大学合并组建新的四川大学，华西医科大学正式更名为四川大学华西医学中心。

3.上海医科大学。2000年，上海医科大学和复旦大学合并办学，组建成为新的复旦大学。2012年，新的复旦大学上海医学院成立，作为复旦大学党政的派出机构，行使相对独立的管理权限。

4.中山医科大学。2001年10月中山医科大学合并到中山大学。

5.同济医科大学。2000年，同济医科大学与华中理工大学、武汉城市建设学院合并，组建成华中科技大学。2000年6月，华中科技大学同济医学院成立并挂牌。

6.白求恩医科大学。2000年与原吉林大学、吉林工业大学，长春科技大学、长春邮电学院合并成为新的吉林大学。2003年，成立了白求恩医学部。

7.湖南医科大学。2000年4月，原中南工业大学、长沙铁道学院与原湖南医科大学合并为中南大学，并组建中南大学湘雅医学院。11月起更名为中南大学湘雅医学院。

8.西安医科大学。2000年4月，西安医科大学与西安交通大学、陕西财经学院三校合并，更名为西安交通大学医学院。

9.山东医科大学。2000年7月，原山东大学、山东医科大学、山东工业大学合并组建为新的山东大学。2017年9月，山东大学齐鲁医学部更名为山东大学齐鲁医学院。

并入名校后，部分医学类高校迎来了辉煌时刻，比如西安医科大学、北京医科大学、中山大学、上海医科大学，发展迅速。而山东医科大学和白求恩医科大学，并入名校后，衰落迹象明显。

目前，坚持独立办学的“211工程”医药高校有：北京中医药大学、天津医科大学、中国药科大学、北京协和医学院、第二军医大学、第四军医大学。

2019年，教育部官网发布声明：已将“211工程”和“985工程”等重点建设项目统筹为“双一流”建设。

早在2015年8月18日，中央全面深化改革领导小组会议审议通过《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》，10月24日，国务院印发《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》；对新时期高等教育重点建设做出新部署，将“211工程”“985工程”及“优势学科创新平台”等重点建设项目，统一纳入世界一流大学和一流学科建设；同年11月，由国务院印发，决定统筹推进建设世界一流大学和一流学科。

2017年9月21日，教育部、财政部、国家发展改革委联合发布第一轮世界一流大学和一流学科建设高校及建设学科名单。

2022年2月14日，教育部、财政部、国家发展改革委公布第二轮“双一流”建设高校及建设学科名单。

上述原211工程医药高校，北京中医药大学、天津医科大学、中国药科大学、北京协和医学院、海军军医大学、空军军医大学，均进入第二轮“双一流”建设学科名单。

除此以外，下列高校也进入第二轮“双一流”建设学科名单：

复旦大学、上海交通大学、上海中医药大学、天津中医药大学、东南大学（生物医学工程）、南京医科大学、南京中医药大学、浙江大学、山东大学、郑州大学、武汉大学、华中科技大学、中山大学、暨南大学、广州医科大学、广州中医药大学、四川大学、成都中医药大学。

医药学高校并入其他高校，尤其是985类高校，能够获得更好的资源、更好的生源、更好的待遇，对其发展可能会有促进作用，但是坚持独立办学也许对于社会、学校、学科会有更大的发展空间。