紧接上篇小站练兵结束之后，1901 年李鸿章保举袁世凯接任直隶总督兼北洋大臣，后袁官至军机大臣兼外务部尚书。随着袁世凯势力的壮大，清廷对其格外顾忌。1908 年 11 月慈禧和光绪先后病死，摄政王载沣欲杀袁世凯。时值段祺瑞任会考陆军留学毕业生主试大臣，为救其主假造兵变，方使袁世凯得以保住性命，尔后袁被勒令回老家养病。载沣认为段祺瑞是个人物，若将其收为已用，便得一名虎将。因此，事件发生后，清廷仍把段留于宫中，仅将其连降三级为江北提督。

助袁世凯当上大总统

武昌起义爆发，袁世凯出山，急令段祺瑞为第一军统领兼湖广总督。段祺瑞由于早年出国留学，接受了西方民主共和的思想，深知中国的落后源于集权腐败的家天下统治。于是在讨伐革命军时，并不真的大举进攻，而是与革命军谈判并接连电告清廷内阁、军咨府、陆军部，声言:"共和思想已深入将士之心，将领颇有不可遏之势。压制则立即暴动，敷衍亦必全溃。"

1912年1月26日，段祺瑞联名握有重兵的46名将领，致电清廷内阁、军咨府、陆军部，一致要求"明降谕旨，宣示中外，立定共和政体。清廷如不速断，则江海尽失，势成坐亡"。2月5日，段祺瑞再率第一军全体将领致电清廷。2月12日，隆裕太后宣布清帝退位。

3 月10日，袁世凯在北京就任中华民国临时大总统，段祺瑞有着不可替代的功劳。民国建立后，段祺瑞被委以内阁中最重要的陆军总长一职，到 1915 年 8 月止，段祺瑞在北京政府内阁中连任 7 届陆军总长。1913 年，49 岁的段祺瑞曾一度代理国务总理。作为北洋政府的开国元勋，袁世凯的忠实干将，段祺瑞积极参与袁世凯打击内阁反对势力及革命党人的活动：代表政府向德国捷成洋行借款二亿两资金，购买军火镇压革命；成为杀害武昌起义元勋张振武的帮凶；调兵镇压二次革命；以押解方式将副总统兼领湖北都督黎元洪等十数人“迎接”入京，结束了黎在湖北的统治；调集豫、鄂、皖等省军队镇压白朗革命起义等。

段祺瑞在建立和维护北洋政府统治上可谓功勋卓著。作为北洋集团首屈一指的大将，段祺瑞长时间实际主持着北洋军务，其在军界和政界的地位迅速崛起，培养出大批自己的力量，成为左右时局的实权人物，在北洋军阀集团中甚至出现了“某种只知段总长，不知袁总统”的局面。

反对袁世凯称帝

当段祺瑞事业如日中天，其势力与威望超过冯国璋、王士珍成为北洋集团的第二号人物之时，袁世凯正紧锣密鼓地为复辟帝制作准备。袁世凯虽然内心对已膨胀的段祺瑞势力戒心日盛，恐其功高震主，但为了能够依仗段祺瑞之势顺利恢复帝制，袁世凯长子袁克定曾派人游说段祺瑞，想让段率北洋将领联名通电，拥袁称帝，然而遭到了段祺瑞断然拒绝。

随着袁世凯帝制活动的逐渐公开，作为一名十足的旧式军人，为报袁世凯知遇之恩，段祺瑞这位曾经逼帝去位、拥立袁氏的关键人物，坚决反对袁世凯称帝，一再陈情“此事危及国家安危和袁家的身家性命，万不可做，万不能做”。后段又曾两次要求晋见袁，皆被袁所拒。为扫清复辟的障碍，袁世凯决定夺回兵权。1914 年 5月，袁世凯成立“陆海军大元帅统率办事处”，由其总揽全国兵权，陆军部名存实亡，段祺瑞虽为总长但实为办事员。

1915 年1月日本以赞助复辟帝制为诱饵，向袁提出卖国的“二十一条”要求。袁世凯周围要员多数主张对日妥协，2 月1日段祺瑞、冯国璋率领十九省将军致电北洋政府表示反对。袁世凯怕养虎为患，为加快复辟帝制步伐，极力排斥段祺瑞。

1915 年 5月末段祺瑞被迫称病退居北京西山，8 月正式辞职。同月，袁世凯将复辟提上议事日程。14日，全国上下拉开了“要求实行帝制，请袁世凯登基”劝进的序幕。面对这一猖獗活动，北洋军阀元老中唯段祺瑞发表了非凡而卓有见识之言论表示反对。12 月 12日，袁世凯正式称帝，改 1916 年为洪宪元年，改中华民国为中华帝国，并对文武百官进行封赏大赐爵位。在册封的 200 多人名单中，段祺瑞这位北洋元勋被除名。

12 月25日，随着孙中山、蔡锷领导的护国运动迅速兴起。1916 年 3 月22 日袁世凯被迫宣布取消帝制，恢复“中华民国”年号。危难之际，袁世凯重新起用段为国务卿兼陆军总长，以求得到段的支持继续担任大总统。然而在波澜壮阔的讨袁声中，段祺瑞也逼其交出军政实权。袁世凯仅在帝位83 天，便在众叛亲离的窘境中病亡。虽然段在反“洪宪斗争”中没有站在前沿阵地，但他的辞职、不合作的暗中抵制却发挥了不可忽视的作用。难怪袁世凯临死之前衰叹曰：“中流砥柱失元勋”。待袁死后段掌实权，念其旧恩，未对袁门进行抄家，并签署了关于袁世凯丧葬的通令，“一切按国葬标准，全国下半旗志哀，并以总理身份主祭”。大葬之日，派出马步兵两个团护灵，令所有内阁成员执绋，鸣礼炮 101。

镇压复辟 再造共和

袁世凯病逝后，虽然北洋军阀集团逐渐形成直、奉、皖等军阀派系，为了掌控中央政权，各派明争暗斗。然段祺瑞凭其在北洋的资历及经历成为北洋之首脑人物。在其执政期间，北洋政府尚能勉强维持表面的统一。袁世凯死后，段祺瑞扶持毫无实力也非嫡系的副总统黎元洪登上了代理总统的宝座，自己则以内阁总理的身份掌握实权，实行军政独裁。1917 年 2 月，段祺瑞力主加入协约国对德宣战，黎元洪却坚决反对，由此引发了一场激烈的“府院之争”。为达到参战目的，段祺瑞将其手下的十几个督军组成“督军团”，对黎元洪施加压力。就在此时，英文《京报》披露了段祺瑞与日本秘密签订了一亿多的军事借款，对于段来说这一新闻无疑具有毁灭性打击。

果不其然，1917 年5月21日，黎元洪抓住时机免去了段国务院总理兼陆军部长的职务。根据临时约法，总统无权撤销总理职务，段祺瑞拒不接受，负气到天津，联系皖系、奉系 8 省独立，反对黎元洪。而黎元洪认为安徽督军团团长“张勋一到，时局即可解决”，于是邀请“辫帅”张勋“即速来京共商国事”。6月14日，张勋以13省盟主身份，打着调解冲突的旗号，率3000 辫子军进京。张勋入京后，紧接着导演了复辟丑剧，直逼黎元洪辞职，7月1日拥12岁的废帝溥仪复辟，自任首席内阁大臣、直隶总督兼北洋大臣。

段祺瑞得知此事后，立即组成“讨逆军”，自任总司令，带兵五万余人讨伐张勋。当时中国第一所正规的航空学校建在北京南苑，战斗中段祺瑞启用该校“高德隆”飞机3架，首次使用空中投弹。该机没有机腹和投弹装置，仅可坐两人且飞速仅在每小时 100 公里左右，飞行员只能手掷小炸弹，也有人说是手榴弹。虽然准确性差，爆炸威力也很小，但却是中国军事史上的第一次空袭。“辫子军”在从天而降的轰炸下顷刻而溃。段祺瑞镇压了“张勋复辟”之后，重新确立了共和政府。随后黎元洪辞职，冯国璋代理总统，段则重掌政权，自为国务总理兼陆军总长，登上了权力之顶峰，声名鹊起。

从 1916 年 8 月至 1920 年7 月，段祺瑞及其皖系军阀掌握北京中央政权达四年之久。对此，直、奉两系不甘寂寞，结成反段联盟。7 月 14 日，直皖战争爆发，历时五日皖军败北，段祺瑞被逐出北京。随之直、奉两系共同控制了北京政权，不久两系失和，接连两次爆发了直奉战争，而此时皖系已经土崩瓦解，段祺瑞成为手上没有军队的假老虎。1924 年在第二次直奉战争中，直系将领冯玉祥临阵倒戈，直系战败。出乎意料地是，在张、冯缝隙中苟且的段祺瑞却意外的获取了渔翁之利，被冯玉祥通电拥为国民军大元帅。11 月中旬，中华民国临时执政府成立，段祺瑞被推选为临时执政，此为段祺瑞政治生涯中的最高职务。